Một số biện pháp phòng chống bệnh do nguyên sinh vật gây ra: ngủ màn, diệt ruồi muỗi, vệ sinh cá nhân thường xuyên, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường sống sạch sẽ thoáng mát, tuyên truyền vận động vệ sinh môi trường cho mọi người xung quanh
Diệt ruồi, muỗi không phải là biện pháp duy nhất để phòng chống sốt rét. Bởi vì đó chỉ là một biện pháp hạn chế ruồi, muỗi xung quanh chúng ta chứ không thể diệt hết tận gốc được ruồi và muỗi. Cùng với việc diệt ruồi và muỗi, chúng ta cần thực hiện thêm một số biện pháp phòng chống sốt rét khác như: ngủ trong màn, vệ sinh dọn dẹp môi trường sống xung quanh sạch sẽ thoáng mát, tuyên truyền giữa gìn vệ sinh môi trường,...
Bởi vì nguyên sinh vật có thể sống, tồn tại trên chính thức ăn, nước uống mà chúng ta sử dụng. Việc nấu chín thức ăn, đun sôi nước uống, rửa sạch thực phẩm là những biện pháp loại bỏ, tiêu diệt vi sinh vật trước khi chúng ta nạp những thứ đó vào cơ thể, giúp phòng chống các bệnh do nguyên sinh vật gây nên.
