Lập 3 chữ số tự nhiên từ tập các chữ số 0, 1, 2, 3, 4 là chỉnh hợp chập 3 của 5 phần từ, nên số cách lập là $A_{5}^{3}= 60$ cách.

Tuy nhiên, số có 3 chữ số thì hàng trăm phải khác 0, các số có dạng $\overline{0ab}$, thì số cách lập là: $A_{4}^{2}= 12$ cách.

Vậy số các số tự nhiên có ba chữ số khác nhau, lập được từ các chữ số 0, 1, 2, 3, 4 là: 60 - 12 = 48 số.