Khó khăn chủ yếu về tự nhiên trong hoạt động của giao thông vận tải biển ở nước ta là
có nhiều vũng, vịnh nước sâu, kín gió.
bờ biển dài, có nhiều đảo và quần đảo.
dọc bờ biển có nhiều cửa sông lớn.
có nhiều bão và áp thấp nhiệt đới.