Mục tiêu của bảo vệ các hệ sinh thái nông nghiệp là:

Tăng năng suất và hiệu quả các hệ sinh thái để phát triển kinh tế trong thời gian hiện tại.

Phát triển ổn định kinh tế - môi trường, duy trì và cải tạo các hệ sinh thái chủ yếu để đạt năng suất và hiệu quả cao.

Thay đổi tập quán canh tác lạc hậu thiếu hiệu quả và năng suất thấp.

Bảo đảm cung cấp đủ lương thực, thực phẩm trong chăn nuôi.