Công ty A gia công áo sơ mi cho thương nhân nước ngoài. Trong quá trình gia công, ngoài những nguyên vật liệu nhập khẩu từ nước ngoài, công ty A có mua một số nguyên vật liệu trong nội địa (không thuộc khu chế xuất và khu phi thuế quan) như chỉ may, thùng carton,...Công ty A phải làm thủ tục đối với nguyên vật liệu mua trong nước trên như thế nào?