Công ty A có thông báo hợp đồng gia công số 01 với đối tác nước ngoài. Thời hạn hiệu lực hợp đồng là 30/04/2018. Ngày 01/06/2018, công ty A nộp thông báo về việc giải quyết nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm cho cơ quan hải quan quản lí, đồng thời công ty A nộp kèm đơn xin tiêu hủy phế liệu tồn sau khi kết thúc hợp đồng 01 trên. Cơ quan hải quan xử lí đối với trường hợp này như thế nào?