Công ty A có đăng ký tờ khai theo loại hình gia công trong năm 2017 với chi cục hải quan gia công. Năm tài chính của công ty A là 31/1,2. Ngày 05/04, công ty A mới nộp báo cáo quyết toán hoạt động gia công năm 2017 cho chi cục hải quan gia công. Chi cục hải quan gia công sẽ xử lí trường hợp này như thế nào?